Тимочка Крајина је била повремено под јурисдикцијом охридске, трновске, пећке и цариградске архиепископије. Једно време (1718–1739) за време аустријске окупације, Тимочка Крајина је била у оквиру београдско-карловачке митрополије. После укидања Патријаршије пећке 1766. године, Тимочка Крајина је потчињена цариградском патријарху и улазила је у састав Видинске епархије. За време Првог српског устанка (1804-1813) који је 1807. г. захватио и Тимочку Крајину њом је управљао београдски митрополит, али од 1813. године Тимочка Крајина је опет била под управом видинског митрополита до 1833.